Las tropas invasoras marroquíes y mauritanas comienzan a entrar en el territorio La población saharaui huye de las ciudades. Se dirigen en un principio hacía en interior del territorio para buscar refugio en aquellas zonas controladas por el Frente Polisario. Durante este exilio Hasán II ordena a su aviación el bombardeo con Napalm y fósforo blanco (prohibidas por los convenios internacionales) de la población civil errante por el desierto.
El 18 de febrero de 1976 la aviación ataca a los campamentos de refugiados de Um Dreiga y Tifariti. Mujeres, niños y ancianos mueren a centenares.
La respuesta de la Comunidad Internacional no se hace esperar. Ésta fue importante desde el principio y tiendas de campaña y otros enseres comienzan a llegar a los campamentos, ahora ya, y para evitar nuevos ataques de la aviación marroquí, se encuentran en los alrededores de la ciudad argelina de Tinduf donde ya había una importante colonia de saharauis exiliados. La organización de los campamentos de refugiados comienza a ser una realidad y un alivio para la población.
El Gobierno Saharaui en el exilio tiene que hacer frente a una doble responsabilidad:
- Garantizar la subsistencia de los refugiados.
- Organizar la lucha por la liberación del Sahara Occidental ocupado.
Aún sin descuidar la lucha contra los marroquíes, al principio se centraron los saharauis en dirigirla contra Mauritania, la parte más débil. Se dan golpes certeros en los principales órganos vitales del país (minas de hierro de Zuerat y línea del ferrocarril) Mauritania no puede seguir la guerra. El 10 de julio de 1978 el presidente mauritano es destituido por un golpe de estado para sacar a Mauritania de la guerra. A partir de estos momentos Mauritania es una de las primeras defensoras de la causa saharaui. Esta retirada de Mauritania permite a Marruecos poder desplegarse en todo el territorio del Sahara Occidental y comienza para ella una nueva etapa en esta guerra, la cual y aun siendo desmesuradamente grande la relación de fuerzas a su favor, no tiene ganada.
La primera fase de esta guerra Marruecos-Frente Polisario es de dominio claro para los saharauis, aun cuando éstos no cuentan con un arma altamente eficaz para esta zona como es la aviación. La situación física y psicológica de los marroquíes era difícil de sostener en un desierto con temperaturas que en ocasiones alcanzan los 60º y a la que estos no se aclimatan. Por otra parte crece en ellos una psicosis de cerco, añadido a la gran dificultad en sus comunicaciones. Al retirarse Mauritania de la guerra, las líneas marroquíes se estiran, siendo más vulnerables. En 1981 Marruecos ante la imposibilidad de defender todas las guarniciones en el Sahara, decide retirarse al “triángulo útil” (zona norte del Sahara entre el Aaiún-Smara y Fos Bu-Craa) quedando todo el territorio en manos del Polisario. En esta época la relación de efectivos era de 10/ 1 para Marruecos.
La segunda fase o de la construcción y consolidación de los muros de defensa marroquíes viene marcada por la estabilización del frente de guerra a lo largo de 2.000 kms de muro por todo el desierto. Estos muros serán proyectados y financiados por EEUU. Su estructura es la siguiente:
- Construidos de piedras y tierra amontonada con dos o tres metros de altura.
- Delante se encuentran alambradas y campos de minas.
Detrás hay fosos anticarros, puntos de artillería media y pesada, enterrados hay puestos de misiles anticarro, centros de estacionamiento y aprovisionamiento, sistemas de radar (cada 15 km un radar suministra los datos a los sistemas de tiro de las baterías. Cada 700-1.000 metros hay un puesto de vigilancia con 15 hombres. Hay pelotones cada 2.500, cada 5000 metros unidades tipo compañía, cada 20 kms (un sector) hay grupos de intervención rápida.
Los objetivos de estos muros son cerrar las fronteras de Marruecos con el Sahara, obligar al Polisario a una guerra de posiciones de gran desgaste para él y expulsarles del territorio. Esta construcción de los muros obliga al Polisario a cambiar de táctica, primeramente se produce una fase de exploración y estudio de las debilidades de estos muros y a partir de 1986 se produce una nueva fase de ataque ahora a los muros. Con el paso del tiempo la construcción de los muros ha conseguido la ralentización.
En este estado de cosas, ambos contendientes son conscientes que esta guerra no tiene ganador, y optan por la vía diplomática para la solución del problema. Marruecos y el Polisario junto con el Secretario General de Naciones Unidas firman un Plan de Paz en 1.991. Pero a los cuatro meses de su aprobación por las partes, el rey Hasán II en nuevas maniobras dilatorias que le favorecen, lo incumple y ordenas nuevos ataques en masa contra los polisarios.